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日本的国立大学总共有97所，除去专业性的大学，绝大多数地方只有一所国立大学，如果是挑选某个地区，在大多数情况下实际上意味着只能申请一所大学。另外，有些大学招收研究生有严格的限制，如只接受公费留学生，或与之有学术交流协定、学生交换协定大学的学生等。
绝大多数日本大学研究生的录取采取指导教授决定制。教授接受申请者的最基本前提是其所研究的专业课题必须与教授一致。不论在哪个国家，研究同一课题的导师都是有限的，在同一所大学里研究同一课题的导师就更少了。另外，即使成功地对上了导师的研究课题，但导师接受的研究生是有限的，一般只带一、两个人，名额已满的情况很多，导师出国讲学不便接受研究生的情况也不少。
这些因素就决定了导师联系的方式——这个不行联系另一个，也就是说只能是以专业课题来联系导师，从而确定学校，确定地区，而不是相反，更不是以其他因素来确定，否则申请渺茫。
不少大学对申请者的资格有一些特别的要求，如有的大学要求必须提供日本留学考试成绩，由于该考试不在中国举行，国内的学生无法申请有此类要求的学校;有的要求提供日语能力考试成绩或托福成绩，没有这方面成绩的申请者无法申请有此要求的学校;有的专业要求必须在大学期间学习过该专业，如果没有这些资格而非选择某个地区、某个学校，那是不可能申请成功的。
教授是否接受申请者的因素主要有：
1、申请者的基本条件象学历、语言水平
2、基础学力即知识水平和研究能力
3、培养潜力
后两项主要是通过成绩表、研究业绩、论文、作品以及研究课题的确定、研究计划书的写作来判定。除次之外，还要看毕业学校的档次，一般情况下，毕业学校档次应与所申请的学校的档次相当，如果差的太多将会影响申请。
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