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东京理科大学有四个校区，分别是神乐坂校区、野田校区、久喜校区和长万部校区。神乐坂校区位于东京都，设有神乐坂和九段两个校园，是理学部第一部、理学部第二部、工学部第一部、工学部第一部和理学专攻科所在地;野田校区位于千叶县，那里有药学部、理工学部和基础工学部二年级以上的学生;久喜校区位于琦玉县，经营学部设在这里;长万部校区位于北海道，基础工业学部一年级的学生在这里学习。
学校设施
保健管理中心
为了维护学生和教职员工的健康，东京理科大学特别设置了保健管理中心。该中心在四个校区都设有诊疗室，并定时有校医在内，为学生和教师提供帮助。每年4月份组织学生进行常规健康检查，每年2次特别健康检查，并对学校内的环境卫生以及传染病预防进行指导。保险管理中心设有网站，上面除了公告事项外，还有传染病常识以及疾病预防的相关信息，并有学校附近医院和卫生机构的地址和网址。
食堂
东京理科大学在四个校区都设有食堂。其中神乐坂校区有四个食堂、野田校区有三个、久喜校区和长万部校区各有一个食堂。各食堂均提供米饭、面食、套餐等多种食物选择，拉面一般在250日元左右，套餐340~450日元之间，这样的价格在当地算是非常便宜的。各食堂开放时间一般都从早上一直到晚上，较为大型的食堂还附有休息室和谈话室，是学生聚会和休息的好地方。
附属设施
东京理科大学的附属设施，在校内有学生研修中心和馆山研修所，在校外有谷川山庄。这些设施可供学生进行研究探讨和集体住宿之用。
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