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留学生可以入学的日本高等教育机构有5种，即大学(本科)、大学院(即研究生院)、短期大学、专修学校专业课程和高等专门学校。
大学本科
修业年限为4年。但医学、牙科学和兽医学为6年。
短期大学
修业年限为2年或3年。
家政、人文、教育及社会方面的专业占多数。
大学院(即研究生院)
硕士课程：修业年限为2年。
博士课程：修业年限为5年。大多分为前期课程(2年：相当于上述硕士课程)和后期课程(3年)。但医学、牙科学和兽医学的博士课程(在学完医学、牙科学和兽医学系的6年课程后可以升学)的修业年限为4年。也有的大学开设5年一贯制的博士课程或只设后期3年的博士课程。
此外，有些大学和大学院(即研究生院)除正式学生外，还设置有单科生、旁听生和研修生等制度。
单科生：选修特定的科目，可取得学分。
旁听生：可旁听特定的科目，但不能取得学分。
研修生：在一定期间内，从事特定的专业项目的研究。
专修学校（专科学校）
专修学校中设有专业课程的又被称为"专门学校"，属高等教育机构。专门学校进行职业教育，并教授实际生活所需的技术、知识和技能。修业年限为1年以上，通常以2年课程为主。
高等专门学校（即中专）
高等专门学校以初中毕业生为对象，进行5年(与商船有关的学科为5年6个月)一贯制教育，其目的在于培养必要的职业能力。高等专门学校除工业方面的学科外，还设置与商船有关的学科及其它领域的学科。
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