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圣地牙哥加州大学的学士学院系统是该校的一个特色。其组织方式是从牛津大学和剑桥大学引用过来的，有点跟圣塔克鲁兹加州大学(UCSC)和普林斯顿大学大学类似。每个学院有它自己的校园和学生宿舍，其学科也各不相同，每个学院的学科要求和学术哲学也各不相同。
圣地牙哥加利福尼亚大学有六个学院:
1.Revelle College
2.John Muir College
3.Thurgood Marshall College
4.Earl Warren College
5.Eleanor Roosevelt College
6.Sixth College
1964年建立的罗杰·瑞威学院是该校的第一个学院，其主要方向是经典的文学艺术。1967年建立的约翰·缪尔学院是第二个学院，提供弹性且有选择性的基本教育。1970年建立的瑟古德·马歇尔学院强调合作和多文化主义。1974年建立的厄尔·沃伦学院强调全面化的教育，同时要求其学生选择两个不相关的学科作为主科。1988年建立的埃莉诺· 罗斯福学院强调全球化，其教育结合文化和跨学科，包含西方和非西方的文化。2002年建立的第六学院强调文化、艺术和技术中的历史和哲学联系。
不论学生选择哪个学院，他可以在圣地牙哥加利福尼亚大学所提供的任何学科里获得学士学位。但是学院相学生颁发学士文件和举行每个学员特有的毕业典礼。
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